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    最簡單的恒溫擴增PCR——RCA/RCT

    2021.6.29

    小背景

    滾環擴增技術,rolling circle amplification,RCA——基于DNA的擴增方法;

    滾環轉錄技術,rolling circle transcription,RCT——基于RNA的擴增方法。

    ?

    滾環擴增/轉錄技術是基于借鑒了自然界中環狀DNA/RNA復制和轉錄方式開發的一種恒溫擴增方法,產物為單鏈DNA/RNA,開發者稱之為最簡單的恒溫PCR方法。


    有兩種形式:一種線性擴增;一種是指數擴增。

    ?

    該系統的核心組成

    引物

    • 單引物:針對環狀模板,進行線性擴增使用;

    • 雙引物:針對環狀模板,在單引物的基礎上,增加一個針對目標核酸序列的反向引物,進行指數擴增使用;

    • 鎖環探針(padlock probe):由于滾環擴增的方法的模板必須是環狀的,如果針對線性基因進行擴增,這時就需要鎖環探針,該探針的兩端具有同目標靶序列互補序列,當識別靶序列后,鎖環探針形成帶有目標靶序列的鎖環。

    • phi29DNA聚合酶

      從Bacillus subtilis噬菌體phi29中克隆出的嗜溫DNA聚合酶;有強鏈置換和連續合成特性,且具有高保真性。

    • DNA連接酶

      當鎖環探針識別靶序列形成不完全鎖環后,DNA連接酶將不完全鎖環兩端就行連接,最終形成完全環狀模板。


    工作原理

    1、環狀模板:天然環狀模板或者連接形成

    -使用鎖環探針,探針兩端為同目標靶序列互補序列;
    -探針識別靶序列,形成不完全閉合環;
    -在DNA連接酶作用下,形成完全閉合環。


    142823f5v7xm1oxth742mz.png

    利用鎖環探針和DNA連接酶形成閉合環模板


    2、線性擴增

    -正向引物識別環狀模板的配對序列;
    -在phi29 DNA聚合酶的作用下合成重復線性單鏈DNA序列;
    ?

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    線性擴增模式圖


    3、指數擴增

    -在線性擴增的基礎上,添加識別目標靶序列的反向引物序列;
    -反向引物識別單鏈DNA擴增產物,在DNA聚合酶作用下直接進行復制;

    ?

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    指數擴增模式圖


    系統特點

    -在37℃條件下,反應30min;
    -產物為重復序列單鏈DNA,能與探針直接結合實現信號放大,也可以進行固定化或者原位擴增,作為信號放大系統;
    -線性RCA的效率可達到10^5倍,指數RCA的效率可達到10^9倍;
    -可以應用于RNA擴增,不需要進行逆轉錄;
    -已經廣泛用于SNP,腫瘤細胞表面蛋白等檢測;
    -甚至可以進行端粒延長,修正細胞凋亡。

    總的來說,RCA系統以及改良系統在不同的領域都得到一定的應用。




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