基于濾膜的DNA陣列

基于濾膜的 DNA 陣列 ? ??? 雖然像玻璃這樣的固相支持基質對于高通量的處理有許多優點，但是基于濾膜的陣列仍然成為一種流行的樣式。之所以這樣，一方面是因為采用尼龍濾膜做的基因表達譜實驗是以分子生物學家熟悉的標準的Southernblotting方法為基礎的。另一方面，大多數研究機構都有利用33 P標記的靶cDNA的濾膜雜交實驗和獲得數據的設備，如感光成像儀。 ? ??? 雖然人們更傾向于使用非放射性標記的方法，但是利用放射性標記的靶與尼龍濾膜陣列雜交的實驗比用熒光標記方法的靈敏度更高。而且，利用放射標記的探針可以得到寬達4～5個對數級的測量密度的線性區，而用熒光標記的方法通常只能得到寬達3個對數級的線性區。尼龍濾膜陣列的另外一個優點是它的許多類型在商業市場上可以買到，而且尼龍濾膜可以剝離下來重復利用多次而沒有明顯的功能退化現象發生，這也是它內在的一個價格上的優勢(Arfin等，2000)。然而，由于尼龍濾膜有疏松多孔的性質，所以它不適合小型化。盡管這樣，尼龍濾膜還是進行小基因組生物(如細菌)基因表達譜研究的合適材料，也適合生產滿足特殊需要的生物其所有基因的某個功能子集的DNA陣列或者是用來作疾病診斷的DNA陣列。例如，由Sigma-Genosys(Woodland，TX)生產的模式生物大腸桿菌的尼龍濾膜DNA陣列比較流行，大小為1lcm× 21cm，有18 000個點樣點上點有雙鏈的大腸桿菌的4290個開放閱讀框(ORF)的全長PCR產物，散布在陣列上的剩余的空白點樣點用來進行背景測量。 ? ??? 關于制造玻璃載片DNA陣列的儀器和方法的詳細討論可參見《DNAMicroarrays：aPractical Approach))(Mark Schena，1999)。關于預備和標記微陣列靶標的實驗方法，雜交操作的規范，數據的獲取與濾膜、玻璃載片以及AffymetrixGeneChips的標準化方法的內容，在由Baldi和Hatfield編寫的《DNA MTcroarrays and Gene Expression：from Experiments to DataAnalysisandModeling))(2002)中有論述。