在實驗動物的運輸過程中，由于恐懼與疼痛、饑渴、疲勞、通風不良、過度擁擠、長時間的旅程而得不到“安寧”等因素會引發動物發生應激反應。發生輕度的應激反應，動物可表現為體重下降、脫水及對疾病的抵抗力降低，嚴重時可影響動物的質量，甚至導致動物在運輸途中衰竭死亡。

在運輸的不同階段，動物表現出的癥狀也不相同。初期動物在恐懼、疼痛、關禁、擁擠等應激因子的刺激下，表現不安、狂躁和敏感性增高，或畏縮、顫抖和咬包裝盒（箱）等。

經過一段時間逐漸適應后，動物安靜下來、對環境表現出冷漠，對正常刺激不反應等。這時機體易受到疾病侵襲。如果再進一步的受到刺激可能引起體溫升高、呼吸困難，出現消瘦和脫水狀態，發生疾病甚至死亡。

實驗室檢測可以證明動物在經歷了應激之后，可引起一系列的病理生理學變化。病理剖解可見腎上腺出血、胃腸粘膜出血、糜爛或潰瘍。血液中腎上腺素和去甲腎上腺素濃度增加，淋巴細胞母細胞化抑制、自然殺傷細胞的細胞毒性功能降低等。在應激后期可導致腎上腺皮質功能衰竭。

防止動物應激的重要措施就是縮短運輸時間，利用現代航空運輸等手段將動物運輸到目的地。其次，運輸動物的籠具要有足夠大的空間，較低的密度。允許動物舒適地站立、躺臥或轉身，且能防止動物逃逸。成群動物的運愉應有讓其自由活動的空間。

長距離和長時間運輸時，要注意防寒和降溫措施。

另外在訂購實驗動物時，要考慮動物運輸過程中體重的消耗，一般大小鼠經過運輸體重消耗都在10%左右，如果運輸時間長、路途遠、包裝密度大體重消耗可能達到15%左右；豚鼠在運輸過程中體重的消耗為20%左右，也與運輸的距離、時間長短、包裝密度有直接關系。