小鼠肝基因組DNA的制備
一、原理
DNA以核蛋白形式存在于細胞核中,制備DNA的原則是既要將DNA與蛋白質、脂類和糖類等分離,又要保持DNA分子的完整。蛋白酶K及鏈霉蛋白酶E的應用使這兩個原則得到了保證。
蛋白酶K或鏈霉蛋白酶E均為廣譜蛋白酶,其重要特性是能在SDS和EDTA存在下保持很高的活性。在勻漿后提取DNA的反應體系中,SDS可破壞細咆膜、核膜,并使組織蛋白與 DNA分子分離,EDTA抑制細胞中DNase活性,蛋白酶K或鏈霉蛋白酶E將蛋白質降解成小肽或氨基酸,使DNA分子完整地分離出來。再用酚、酚/氯仿抽提除去蛋白質,接著用氯仿抽提以除去DNA溶液中微量酚的污染。最后用無水乙醇沉淀DNA。為獲得高純度DNA,操作過程中常加入RNase除去RNA。獲得高分子量DNA的關鍵是防止DNase降解DNA。故標本必須新鮮,在提取前細胞就保持完整,核、溶酶體等細胞器應沒有明顯破壞,提取DNA用的離心管等器皿及試劑應消毒。操作在4℃以下進行。
??????二、試劑及器材??????1.試劑?????????蛋白酶K:稱取20mg蛋白酶K溶于lml消毒雙蒸水中,-20℃備用。?????????RNase(牛胰):稱取10mgRNase溶于lml下列混合液中:10mmol/l Tris-HCl,pH8.0; lmmol/L EDTANa2pH8.0;50%甘油。??????10%SDS溶液:稱取10gSDS溶于100ml消毒雙蒸水中,于65℃保溫2小時,貯存室溫備用。??????1×TE緩沖液(pH8.0):10mmol/L Tris-HClpH8.0;lmmol/LEDTANa2pH8.0。配制后高壓滅菌,4℃貯存。??????????1×TE飽和重蒸酚(pH8.0)??? 氯仿/異戊醇(24:1V/V)??? 10mol/LNH4AC,配制后高壓滅菌,4℃貯存??????無水乙醇(AR)????????70%乙醇??????2.器材??????玻璃勻漿器;??????離心機;??????電泳儀;??????電泳槽;??????紫外透射反射分析儀。三、操作??????1.組織DNA的提取??????①取小鼠新鮮肝組織,去除結締組織,用剪刀剪成細小碎塊,加10倍體積TE緩沖液,用玻璃勻漿器在冰浴中中速勻漿??????②將勻漿液轉入10ml離心管以4000rpm離心10分鐘,棄上清,加10倍體積TE洗一遍,以4000rpm離心10分鐘,棄上清??????③加適量TE稀釋??????④取400μl稀釋液于1.5ml的Eppendorf管,緩慢加入10%SDS溶液,至終濃度0.5%? (加20μl),搖勻直至溶液變粘稠??????⑤加入Rnase(200μg/ml)至終濃度20ug/m1(42μl)混勻,置37℃保溫60分鐘總體積? (420μl)。??????⑥加蛋白酶K(20mg/ml)至終濃度100ug/m1混勻(加21ul),于50℃保溫3小時,并間歇攪動(總體積441μl)。??????⑦將此溶液冷卻至室溫,加等體積飽和酚抽提,以10000rpm離心10分鐘。??????⑧取上清加1/2體積飽和酚,1/2體積氯仿/異戊醇抽提一次,以10000rpm離心10分鐘??????⑨取上清,加等體積氯仿/異戊醇抽提一次,以10000rpm離心10分鐘??????⑩?加1/10體積5MKAc,加2倍體積無水乙醇充分混勻,以12000rpm離心10分鐘,加lml70%乙醇洗沉淀,以12000rpm離心10分鐘,待酒精揮發盡后加20ul TE溶解,4℃儲存??????2.電泳鑒定??????取DNA樣品2μl加上樣緩沖液10μl(含溴酚藍指示劑和甘油),在0.8%瓊脂糖凝膠進行水平微型電泳,電壓<5V/cm,時間2小時左右。電泳后取出凝膠,用0.5μg/ml的溴化乙錠染色20分鐘,用紫外燈觀察分析。