基因敲除和轉基因動物是功能缺失表型研究的主要方法。然而，獲得這些動物是一個漫長而且費用昂貴的過程，同時很多基因的缺失會導致胚胎致死表型，使得基因敲除變得不再可能。

滅活蛋白功能的方法包括結構域陰性突變構建和分析，和使用抗體和aptamers。但是，這可能需要花費一些時間確定什么構型和結構有功能，而且它們似乎只對某些靶標有作用。

有兩種方法被用來調節mRNA的更新，反義mRNA和核酶（ribozyme）。但是這兩種方法的應用有很大的限制。

RNAi是快速鑒定基因功能而費用低廉的方法，似乎對于到目前為止檢測的大多數基因效果良好。RNAi迅速成為在敲除目的基因表達方面使用更多的方法。RANi對于了解基因功能，信號通路分析，RNAi機制研究和靶標驗證非常有用，同時展示了診斷學和治療學的巨大潛力。