RNA探針是指帶有標記的能與組織內相對應的核苷酸序列互補結合的一段單鏈cDNA或cRNA分子。根據在RNA雜交中所使用的探針依其來源可分為三種：即特異性cDNA，cRNA探針和人工合成寡核苷酸探針。

1. 單鏈cDNA探針： 由于cDNA中不存在內含子及其它高度重復序列，又克服了雙鏈cDNA探針在雜交反應中兩條鏈之間復性的缺點，從而提高了雜交反應的敏感性。但由于單鏈cDNA探針的制備比較困難，在RNA原位雜交中已很少見有應用。

2. cRNA探針：是以cDNA為模板，通過體外轉錄而獲得的。因為它是一種單鏈探針，因此也避免了應用雙鏈cDNA探針做雜交反應時存在的兩條之間的復性問題。cRNA與RNA之間形成的雜交體要比cDNA-RNA雜交體穩定。

cRNA-RNA之間形成的雜交體不受RNA酶的影響。因此雜交反應后可用RNA酶處理，以除去未結合的探針。由于cRNA探針具有以上這些優點，cRNA探針的雜交飽和水平又比雙鏈DNA探針高出8倍，因此在原位雜交中應用廣泛。cRNA探針的缺點是：探針的制備過程比較復雜，需要較好的分子生物學實驗設備，它對RNA酶敏感，易受破壞，操作中要謹防RNA酶污染。

3. 寡核苷酸探針：人工合成的寡核苷探針是以核苷酸為原料，通過DNA合成儀合成，避免了真核細胞中存在的高度重復序列帶來的不利影響。由于大多數寡核苷酸序列較短，不需要純化，組織穿透性極好。

根椐目的基因的特異性序列設計的探針，特異性較強。合成的寡核苷酸探針的缺點是：探針長度必須適宜，探針太長可造成內部錯誤配對雜交，探針太短可形成非特異性結合。它與mRNA形成的雜交體不如cRNA-RNA雜交體穩定，再則探針較短，所攜帶的標記物少，敏感性較低。

4. 依標記物不同:探針又可分為同位素標記探針和非同位素標記探針兩大類。前者主要包括3H，35C，32P和125I等，不同的同位素探針其穿透力，定位和半衰期各不相同，無一種同位素探針具有穿透力強，定位好和半衰期長所有優點。

由于半衰斯短，性能不穩定，污染環境和危害健康等原因，在RNA原位雜交中應用同位素標記探針已日趨減少，而非同位素標記探針在近年來得到迅速發展，其標記物主要有生物素，地高辛，酶和熒光標記等。其中地高辛標記的cDNA，RNA和寡核苷酸探針，不但探針的具有生物素標記優點，還克服了生物素標記的探針在原位雜交過程中受組織內源性生物素干憂等缺點，其應用越來越廣泛。