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由于利用了DNA與互補的DNA或RNA結合的典型性質, DNA 芯片在短時間內就取得了成功. 然而, 已經有關于mRNA 和蛋白質之間數量關系上的爭論, 而且實際上在細胞中參與各種不同反應的都是蛋白質. 因此, 如果能制造出蛋白質芯片而不是DNA芯片 , 而且如果蛋白質表達強度和鍵合物能被發現, 就有可能把研究拓展到DNA芯片鞭長莫及的領域. 然而, 要制造一個蛋白質芯片, 每個蛋白質都需要提純, 還有, 將蛋白質以某種形式固定到芯片上的技術還不完善. 也許植入較常規蛋白質易于控制的抗體是個替代方案. 盡管被指出了許多問題, 2000年秋天, Schreiber小組展示了他們可以制造高密度蛋白質芯片并且保持蛋白質成鍵能力的技術(science , 2000, 289, 1760-1763). 它與布朗技術相同, 除了他們用了蛋白質而不是DNA. 以醛基活化光滑的表面, 蛋白質通過共價鍵與之相連.他們用了幾種不同的蛋白質做芯片能保持活性的例證, 但是不同蛋白質在芯片上能否互不干擾仍是個問題.

2001年, 覆蓋了芽孢酵母大部份基因產物的大約6,000種蛋白質, 被表達并在N-末端以GST- HisX6(glutoahione S-轉移酶-聚組氨酸)標記, 然后植入芯片. 這項工作是耶魯大學的Snyder小組完成的(Science , 2001, 293, 2101-2105).通過光滑的玻璃表面上的醛基或Ni離子包裹(與HisX6成鍵)使蛋白質平滑地附到芯片之上. 平均分配的點入的蛋白質通過螢光標記的GST抗體確認. 對鈣調素(calmodulin)和磷酸肌醇酯(phosphoinositol lipid), 兩個代表性的蛋白質成鍵方式, 進行螢光標記然后在芯片上篩選, 以此證明蛋白質間的相互成鍵能力并用其識別新的成鍵的蛋白質. 現在, 蛋白質芯片的檢測靈敏度約為ng/mL. 蛋白質芯片公司Ciphergen在芯片表面包裹了各種材料, 利用這些不同的表面區別不同的蛋白質. 設計的表面材料有憎水型的, 親水型的, 陽離子和陰離子交換型的, 金屬離子和潛活性分子等等, 但是好像僅用這些有限數量的表面來識別數以千計的不同蛋白質比較困難. 與芯片成鍵的蛋白質采用MALDI-TOF質譜進行分析.