H-DNA又稱鉸鏈DNA，是三螺旋結構中較為特殊的一種，1987年由Mirkin等在一種持粒的酸性溶液中首次發現。H-DNA可在任何以鏡象重復的寡聚核苷酸中產生（核苷酸序列具有H回文結構）。H-DNA的形成始于共聚物內部突環，其中的雙鏈在一邊輕微旋轉，折疊回去，以生成第一個三股堿基對。這種成核過程建立了一種非平衡的H-DNA構型。纏繞與變性導致了其余DNA分子負超螺旋松弛。3′和5′一半的多聚嘧啶鏈都可以作H-DNA的給予體鏈，而形成兩種異構體如圖3-30所示，它們在構型上是等價的。簡言之，H-DNA是由部分未纏繞的復合DNA中的一個富嘧啶鏈，經回折同復合體中伸展的富嘌呤鏈間形成Hoogsteen氫鍵而形成的分子內三螺旋，即DNA的雙鏈所形成的三鏈螺旋。由于形成過程中發生C→C 的轉化，故稱H-DNA。并把這類序列稱為H回文序列。 研究還發現在毫摩爾級的Mg2 和中性pH下，d(G)30·d(C)30所形成一種由GGC三堿基體組成的嘌呤分子內三螺旋結構（H*-DNA），而另外一些研究則發現d(AG)n·d(T)n和d(G)n·d(C)n束道也能形成同時含有H-DNA和H*-DNA的紐結（nodule）三錠結構。如圖3-30，在這個DNA結構中，兩個三螺旋的頂端含有少數幾個未配對的DNA堿基，而且由于不同結構間存在大量的鏈節，因此，紐結DNA的形成具有較高的成核能，但延伸能較低（因為單鏈區較少）。

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