液相色譜-超高分辨質譜-BPF軟件助力蛋白的序列 變異體分析

氨基酸突變是生物制藥中常見的問題。如果突變發生在抗體的 CDR區或抗原的RBD區域，有可能影響藥物的療效。以新冠病 毒的S蛋白[1, 2]為例，從原始的武漢株到印度株再到巴西株，S 蛋白中僅少數幾個氨基酸發生突變，就導致病毒的致病性和傳 播速度發生了巨大變化。 解析蛋白的氨基酸突變需要具備兩種條件：1）高精度、高準確 性、高靈敏度的原始數據。有些突變的含量極低（低至0.5%以 下），質譜的靈敏度不夠高難以檢測此類突變。有些突變的質 量變化較小，如氨基酸殘基K和E之間的突變僅相差0.94 Da， 與脫酰胺的0.98 Da僅差0.04 Da，如果肽段價態較高，如+4價 和+5價，這樣的差值僅為0.008 Da。此外，突變后的肽段M0同 位素峰與未突變的肽段的M1峰相差極小（小于0.01 Da），若 質譜的準確度不能達到0.001 Da，難以實現此類突變的準確檢 測。Orbitrap擁有6萬以上分辨率，且同時擁有高靈敏度和高能 碎裂模式（HCD），可實現此類突變的準確檢測。2）快速、準 確的軟件檢索。 本文以Orbitrap為質量分析器，采用Biopharma Finder (BPF)軟 件，檢索S蛋白的氨基酸突變。