布魯克最新發布
#摘要#
應用在免疫肽組學的PaSER? Novor,具有更快速、實時從頭測序的特點
使用PaSER 2023b蛋白質組學軟件實現無需構建譜圖庫的dia-PASEF數據分析(Library-free dia-PASEF?)
與Mass Dynamics合作, 實現4D-Proteomics?知識可視化
2023年3月6日美國伊利諾斯州芝加哥 —— 布魯克公司(納斯達克股票代碼:BRKR)在美國HUPO會議上宣布為基于timsTOF平臺的4D-蛋白質組學推出十分重要的生物信息學工具:
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A. 應用于免疫肽測序的PaSER Novor//
憑借PaSER Novor,布魯克推出在免疫肽組學分析的高級功能,它是由布魯克與Rapid Novor(快序生物,一家加拿大軟件和提供抗體測序服務的CRO公司)合作開發完成的。
莫納什大學(Monash University)免疫蛋白質組學實驗室主任Tony Purcell教授說:"從頭測序分析是我實驗室多年來研究的一個重要方面。這種新的算法在實時采集數據條件下,以更快的速度提供準確的結果,實現了大規模和實時的免疫肽組學分析。這對我的團隊如何快速地將科學研究向臨床轉化具有重要意義,這一工作流程提供的檢測結果也會對臨床患者產生深遠影響。”
圖右:timsTOF SCP ultra-high sensitivity MS
B. TIMS-DIA-NN 2.0 實現譜圖庫非依賴的dia-PASEF分析//
TIMS DIA-NN是以CCS為中心的DIA–NN [1] 新版本,與之前版本相比具有顯著的改進。TIMS DIA-NN 2.0通過新的機器學習,可以實現library-free dia-PASEF數據分析流程,并進一步提高定量準確性。加州大學戴維斯分校蛋白質組學核心實驗室主任Brett Phinney博士評論道:“蛋白質組學已經取得了長足的進步,但色譜和數據分析具有與質譜儀相同的重要性。大隊列樣本分析時穩定的色譜系統,與DDA和DIA的實時搜索相結合,使我的實驗室效率達到了更高的水平,而這只有通過TIMS DIA-NN的library-free搜索功能才能達到更好的結果。”
C. Mass Dynamics對4D-Proteomics的大規模圖形知識可視化//
通過與澳大利亞Mass Dynamics軟件公司的聯合創始人、WEHI公司的Andrew Webb教授合作,布魯克timsTOF 4D-Proteomics通過Mass Dynamics的統計分析、交互式和可視化技術,可以直觀地提取蛋白質組學信息。除了蛋白質列表、火山圖、蛋白質相互作用圖、PCA圖,其它一系列可視化視圖都有助于研究者們了解生物學過程和疾病機理。
布魯克生命科學質譜生物信息學總監Dennis Trede博士評論道:"我們很高興與Rapid Novor和Mass Dynamics的合作。本次合作將為蛋白質組學的發展帶來意義非凡的影響。Rapid Novor與超高靈敏度timsTOF SCP相結合,現在可在活檢小腫瘤樣本中獲得大規模的免疫肽組學數據。在美國HUPO發布的所有布魯克軟件解決方案適用于所有型號timsTOF平臺:timsTOF Pro 2、timsTOF HT、timsTOF SCP和timsTOF fleX。在國際HUPO坎昆會議上發布的Biognosys Spectronaut? 17軟件擁有全新的Direct DIA+功能,且完全支持timsTOF平臺上的dia-PASEF數據。”
參考文獻·
[1] Nat Commun. 2022 Jul 8;13(1):3944. https://doi.org/10.1038/s41467-022-31492-0.