鑒定一種新的內源性代謝物，并用固定方法表征其與蛋白質的相互作用

Kalisiak J, Trauger SA, Kalisiak E, Morita H, Fokin VV,Adams MW, Sharpless KB, Siuzdak G.J Am Chem Soc.2009 Jan 14; 131(1):378-86.

摘要：新興的基于質譜的總體代謝組學研究領域為發現未知代謝物及其特異性的生化通路提供了平臺。我們報導了一種新內源性代謝物，N(4)-(N-乙酰基氨基丙基) 亞精胺的鑒定，并利用新的蛋白質組學方法將代謝物固定在瓊脂糖微球上，研究其與蛋白質的相互作用。從超嗜熱菌中分離代謝物，通過與合成的候選分子之間相互作用進行結構表征，用精確質量LCMS/MS 進行對比分析。建立了選擇性制備N(1) 熱精胺(未知代謝物的可能結構之一)的方法，通過在熱精胺骨架的N(8) 和N(4) 位進行甲基化制備新的多胺衍生物。用代謝物固定并與天然蛋白孵育的方法研究了新代謝物，以及其它兩種多胺：亞精胺和胍丁胺的生化作用。鑒定了11 種與N(4)-(N-乙酰基氨基丙基) 亞精胺特異性結合的蛋白質，為研究這一新代謝物在天然有機體中的作用提供了信息。鑒定的蛋白質包括假定蛋白PF0607 和PF1199，以及參與翻譯、DNA 合成和尿素循環的蛋白質，如翻譯啟動因子IF-2、50S 核糖體蛋白L14e、DNA 指導的RNA 聚合酶，以及鳥氨酸氨甲酰基轉移酶。這里報導的固定方法對其它通過非靶向代謝組學發現的新的內源性代謝物具有潛在應用價值，可作為初步篩查，得到可以進一步研究其特異活性的蛋白列表。