XCMS2: 處理串聯質譜數據進行代謝物鑒定和結構表征

Benton HP, Wong DM, Trauger SA, Siuzdak G. Anal Chem. 2008 Aug 15; 80(16): 6382-9. Epub 2008 Jul 16.

摘要：代謝組學質譜法代表著生物信息學技術發展的一個新領域。雖然目前使用的計算工具，如XCMS 可以通過統計評估和排列LC-MS 特征離子，但還是不能提供結構鑒定方面的信息。XCMS(2) 是一個開放的資源軟件包，用于從參考數據庫(MELIN) 所含已知代謝物的高質量實驗MS/MS 數據中自動檢索串聯質譜(MS/MS) 數據。命中分值的計算是基于“共有峰計數(shared peak count)”法，即鑒定分析MS/MS 圖譜和參考圖譜之間同有的碎片離子數。XCMS(2) 的另一功能是可以提供METLIN 數據庫中沒有的未知代謝物的結構信息。這種“相似性檢索”方式，專為檢測未知代謝物中可能的結構基序而設計，這些代謝物可能產生與METLIN 所含參考化合物相關的特征碎片離子和中性丟失，甚至母離子質量并不相同。